柴油滤清器的结构大致与机油滤清器相同，有可换式和旋装式两种。但其承受的工作压力和耐油温要求较机油滤清器低得多，而其过滤效率的要求却比机油滤清器高得多。柴油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有采用毛毡或高分子材料的。柴油滤清器除过滤柴油中的机械杂质外，还有一个重要的功能就是滤水。水的存在对于柴油机供油系统危害极大，锈蚀、磨损、损伤汽缸活塞环甚至会产生拉缸现象还能够恶化柴油的燃烧过程。柴油滤清系统根据液体密度的不同通过流体流向控制技术，对水分进行分离达到过滤水分的效果。