燃油滤清器有柴油滤清器、汽油滤清器和天然气滤清器三类。

为实现较高分离效率，一级为油水分离器，一级为柴油精滤器。磨损卡死甚至会恶化柴油的燃烧过程。柴油滤清系统的除水方式在机械燃油系统主要是沉淀，到国三以上排放时代，柴油发动机多采用高压共轨燃油系统，除水方式多采用滤纸。如博世（BOSCH），曼胡（Mann-Hummel），帕克（Parker），国内品牌有达菲特（DIFITE）。

汽油滤清器有化油器式和电喷式之分，使用化油器的汽油发动机，汽油滤清器位于输油泵进口一侧，工作压力较小，一般采用尼龙外壳，电喷式发动机的汽油滤清器位于输油泵的出口一侧，工作压力较高，通常采用金属外壳。汽油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有使用尼龙布、高分子材料的。